В некоторых отделах подпаутинного пространства образуются полости (цистерны). Они локализуются над бороздами или щелями поверхности мозга, где паутинная оболочка отделена от мягкой сравнительно широким пространством. Наиболее мощными являются большая (задняя) цистерна мозга и базальная, расположенная на основании мозга в области артериального круга большого мозга. Всего различают около 7 цистерн. От цистерн основания мозга, как уже отмечалось, начинается сеть ликвороносных каналов. Подпаутинные пространства головного и спинного мозга непосредственно сообщаются с желудочками мозга.

IV желудочек спереди ограничен мостом и продолговатым мозгом, сзади и с боков - мозжечком. Через нижнее отверстие сообщается с центральным каналом спинного мозга, через верхнее - с водопроводом среднего мозга и III желудочком. Кроме того, имеются еще два боковых отверстия (Люшка) и срединное (Мажанди), через которые IV желудочек сообщается с подпаутинным пространством, окружающим со всех сторон головной и спинной мозг. III желудочек представляет собой узкое пространство, заключенное между стенками промежуточного мозга. Задний конец сообщается с водопроводом среднего мозга, а по сторонам передней части желудочка находится парное межжелудочковое отверстие, ведущее в боковые желудочки.

Боковые желудочки (левый и правый) представляют собой полости в виде щелей, вытянутые в длину и повторяющие внешнюю форму полушария. Левый желудочек условно считают первым, правый - вторым. Каждой из 4 долей полушария соответствует отдел бокового желудочка. Передний рог помещается в лобной доле, центральная часть в теменной, задний рог - в затылочной, нижний - в височной. Боковые желудочки замкнуты со всех сторон за исключением сообщения переднего рога с III желудочком.